Cerita ini aslinya muncul di WIRED Jepang dan telah diterjemahkan dari bahasa Jepang.
Belahan bumi utara memasuki gelombang Covid lainnya—sementara sebagian besar dunia bertindak seolah-olah pandemi telah berakhir, kasus-kasus melonjak lagi. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS (CDC) telah mencatat peningkatan dalam tes Covid positif, kunjungan unit gawat darurat, rawat inap, dan kematian dalam beberapa minggu terakhir, sementara kasus dan rawat inap di Inggris sedang merayap juga.
Namun, lonjakan kasus terlihat jelas di Jepang. Institut Penyakit Menular Nasional negara tersebut telah dilaporkan bahwa jumlah rata-rata orang yang terinfeksi per institusi medis telah meningkat pesat sejak Juni. Secara khusus, prefektur Okinawa telah menyaksikan jumlah pasien baru yang dirawat di rumah sakit tertinggi sejak pelaporan dimulai, dan ada kemungkinan bahwa virus tersebut menyebar di Jepang pada tingkat yang melampaui dua gelombang besar terakhir di negara itu, pada September 2023 dan Januari 2024.
Penyebab lonjakan ini adalah serangkaian varian baru: KP.3, LB.1, dan KP.2.3. Keturunan dari sublineage Omicron JN.1 yang mendominasi selama Natal, mereka telah menjadi pendorong infeksi baru di seluruh dunia, dengan KP.3 tampaknya semakin mendominasi. Pada tanggal 15 Juli, CDC AS diperkirakan sekitar 37 persen kasus Covid baru di Amerika Serikat disebabkan oleh KP.3, dengan KP.2 menyumbang 24 persen dan LB.1 15 persen. KP.3 telah meningkat pesat selama beberapa bulan terakhir: Pada 11 Mei, diperkirakan 9 persen kasus di AS disebabkan oleh KP.3; sebulan kemudian pada 11 Juni, jumlahnya menjadi 25 persen.
Secara bersamaan, virus-virus ini disebut sebagai varian FLiRT, karena semuanya memiliki mutasi pada protein lonjakan yang mengubah asam amino ke-456 dari fenilalanina (F) menjadi leusin (L) dan asam amino ke-346 dari arginina (R) menjadi treonina (T). Menurut sebuah makalah oleh Institut Ilmu Kedokteran di Universitas Tokyo, yang diterbitkan awal tahun ini dalam jurnal The Lancet Infectious Diseases, varian-varian ini lebih mudah menular daripada varian arus utama sebelumnya dan memiliki kemampuan tinggi untuk menghindari antibodi penetral.
Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan), sebuah konsorsium penelitian di lembaga tersebut, perkiraan bahwa angka R varian FLiRT—jumlah rata-rata kasus baru yang disebabkan oleh orang yang terinfeksi, dan ukuran penularan—lebih tinggi untuk bentuk virus baru ini dibandingkan dengan JN.1. Lebih jauh, ketika penularan virus ini dievaluasi dalam sel yang dikultur, KP.3 membutuhkan jumlah virus yang lebih rendah untuk menyebabkan infeksi dibandingkan dengan LB.1 dan KP.2.3, yang keduanya membutuhkan jumlah virus yang hampir sama dengan JN.1. Hasil ini memberikan petunjuk mengapa KP.3 tampaknya menuju dominasi.
Varian FLiRT, termasuk KP.3, juga melampaui kemampuan bentuk virus sebelumnya untuk menghindari kekebalan. Ketika tim G2P-Jepang memeriksa infeksi sebelumnya, infeksi terobosan (infeksi yang terjadi setelah vaksinasi), dan respons terhadap antibodi penetral yang diinduksi oleh vaksin Covid XBB.1.5 yang diperbarui, mereka menemukan bahwa dalam semua kasus aktivitas penetral terhadap FLiRT secara signifikan lebih lemah daripada terhadap varian epidemi yang ada.
