NFDP dikelola oleh FAM dengan dukungan Dewan Olahraga (MSN) serta berada di bawah kebijakan Kementerian Pemuda dan Olahraga Malaysia.
Dalam pelaksanaannya, NFDP menerapkan kurikulum latihan nasional yang seragam, mencakup aspek teknik, taktik, fisik, dan mental, sekaligus mengembangkan kualitas pelatih, sistem pencarian bakat, dan kompetisi usia muda.
Program ini menyasar kelompok usia U-12 hingga U-19 melalui akademi NFDP yang tersebar di berbagai negara bagian. Sekolah Sukan Bukit Jalil (SSBJ) menjadi pusat pembinaan elite, sementara jalur lanjutan mengarah ke timnas level usia sebagai tahapan menuju timnas senior.
Secara jangka panjang, NFDP bertujuan meningkatkan kualitas dan kontinuitas pasokan pemain timnas, memperkuat identitas permainan Malaysia, serta meningkatkan daya saing di tingkat Asia. Melalui sistem pembinaan yang berjenjang, NFDP diharapkan menjadi tulang punggung regenerasi sepak bola Malaysia.
